Comptabilisant 23 membres au total, le Conseil d'Administration de Nantes Habitat est composé de 6 élus municipaux (dont un élu de l'opposition), 7 personnalités qualifiées en matière d'urbanisme, logement, environnement, affaires sociales (dont 2 élus représentants les communes de l'agglomération), 4 représentants des associations de locataires, 2 membres des organisations syndicales CGT et CFDT (organisations syndicales les plus représentatives dans le département), et de membres issus de la CAF (Caisse d'allocations familiales de Loire-Atlantique), du CILA (Collecteur 1%), de l'UDAF 44 (Union départementale des associations familiales), et d'associations d'insertion.

Le Conseil d'Administration se réunit au minimum trois fois par an. Il décide notamment de la politique générale de l'office, vote le budget, donne les orientations en matière de politique des loyers et d'évolution du patrimoine, décide des programmes d'aménagement, de construction ou encore de réhabilitation. Enfin, c’est également le Conseil d’Administration qui désigne les membres des commissions suivantes :

- Commission de Proximité, qui assure le pilotage et le suivi des différents projets liés au quotidien des locataires et aux instances de dialogue, en lien avec les associations de locataires ; Présidente : Myriam Naël.

- Commission d'attribution des logements, qui se réunit toutes les semaines pour étudier les dossiers de candidatures et attribuer les logements libres à Nantes Habitat ; Président : Alain Robert.

- Commissions d'appel d’offres ; Président : Stéphane Dauphin.

- Commission Développement Durable et enjeux patrimoniaux, qui elle évalue et formule des propositions sur les politiques patrimoniales et énergétiques de Nantes Habitat. Présidente : Pascale Chiron.

Les 23 membres du Conseil d'Administration de Nantes Habitat sont les suivants :

Élus municipaux
    Alain Robert, Adjoint au maire - Président de Nantes Habitat
    Pascale Chiron, Adjointe au maire - Vice-Présidente
    Marie Annick Benâtre, Adjointe au maire
    Myriam Naël, Adjointe au maire
    Abbassia Hakem, Adjointe au maire
    Yasmine Ghenaï, Conseillère municipale (opposition)
 
Personnalités qualifiées
    André Sentenac, Administrateur
    Anne Lefèvre, Administratrice
    Yves Petiteau, Administrateur
    Michel Plassart, Administrateur
    Gilbert Galliot, Administrateur
 
Dont les représentants des communes de l’agglomération :
    Pascal Pras, Maire de Saint-Jean-de-Boiseau
    Dominique Le Berre, Adjointe au maire de la Chapelle-sur-Erdre
 
Représentants des associations de locataires
    Hugues Tenailleau, C.L.C.V, Administrateur représentant les locataires
    Lucien Bertin, Indecosa-CGT, Administrateur représentant les locataires
    Yannick Gouret, C.G.L, Administrateur représentant les locataires
    Fari Salimy, C.S.F, Administrateur représentant les locataires
 
Membres des organisations syndicales
    Marie-Claude Garro, C.G.T
    Joël Guillou, C.F.D.T
 
Représentant des associations d'insertion
    Stéphane Gorius
 
Membre désigné par la C.A.F
    Joël Buret

Membre désigné par le C.I.L.A.
    Jean-Luc Vincent
 
Membre désigné par l'U.D.A.F
    Bernadette Guet
 
Deux membres à voix consultative
    Stéphane Dauphin, Directeur Général de Nantes Habitat
    Bernard Gautron, représentant du Comité d’entreprise